Βιοπληροφορική, python

[lactate]

Δεν έχω καμία επαφή με το αντικείμενο. Με βιοϊατρική έρευνα ασχολούμαι και βλέπω ότι παντού ζητάνε βιοπληροφορική ακόμα και αν η θέση λέει μοριακή βιολογία τσουπ σου λέει να ξέρεις python (που εγώ ως python καταλαβαίνω ένα πράσινο ερπετό που βγάζει έξω  τη γλώσσα) και βιοπληροφορική. Δεν έχω διδαχτεί στο μεταπτυχιακό μου (ούτε στο προπτυχιακό). Τώρα τελειώνω το διδακτορικό μου και νιώθω κάπως αδύναμος για να μην πω ανίσχυρος σε αυτό το κομμάτι. Πως  μπορώ να αρχίσω να αποκτώ μια επαφή με το θέμα; Κανένας γνωστός μου δεν ασχολείται για να μου δώσει κατεύθυνση. Να ψάξω κάποιου είδους σεμινάριο; Και στον εργοδότη μετά πως θα το αποδείξω; Θα λέω διάβασα κάπου ένα pdf? Εκεί το χάνω λίγο. Μεταπτυχιακό δε θέλω να κάνω δεύτερο.

[archer100]

Απλα ξεκινα να μαθαινεις Python απο καποιο online tutorial

Οταν μαθεις καλα τη γλωσσα, δες τι ακριβως ζητανε σε σχεση με την βιοπληροφορικη.

Εχεις καποια αγγελια για παραδειγμα να δουμε τι ακριβως ζητανε; (libraries, κλπ) 

Επεξ/σία 15 Απριλίου 2020 από archer100

[Cell_7]

Είναι από τις πιο εύκολα κατανοητές γλώσσες η Python. Πηγές για να μάθεις υπάρχουν άπειρες online και δωρεάν, ψάχνεις λίγο και μαθαίνεις από όποιον σου αρέσει.

[neo80]

καλό διάβασμα 

https://docs.python.org/3/

Επεξ/σία 15 Απριλίου 2020 από neo80

[lactate]

Ευχαριστώ πολύ για τις απαντήσει σας.

10 ώρες πριν, archer100 είπε

Απλα ξεκινα να μαθαινεις Python απο καποιο online tutorial

Οταν μαθεις καλα τη γλωσσα, δες τι ακριβως ζητανε σε σχεση με την βιοπληροφορικη.

Εχεις καποια αγγελια για παραδειγμα να δουμε τι ακριβως ζητανε; (libraries, κλπ) 

Θα σου κάνω copy paste 2-3 αγγελίες

1. Candidate requirements: Candidates should have a PhD in Virology, Immunology, or Biology, and an excellent knowledge of biochemistry and bioinformatics is desirable.

 

2. Skills and application: Candidates must have a Ph.D in molecular or cell biology, genetics, toxicology or a related biological discipline, be self-motivated, and have excellent communication (verbal and written) and organizational skills. Solid molecular biology skills, and experience with Illumina and/or Nanopore (or PacBio) sequencing experiments (design, implementation and analyses) are required.  Strong interest in insecticide resistance or CYP-mediated metabolism of xenobiotics is highly desired.  Strong programming skills are necessary

 

Είναι όλα τόσο γενικά. Και  το αστείο είναι ότι οι μισθοί είναι στα πατώματα. Βλέπω 45,000$ το χρόνο για Αμερική που θα θέλεις 5 συγκάτοικους για να επβίωσεις και ζητάνε κάποιον να ξέρει τις τελευταίες τεχνικές της μοριακής βιολογίας, να ξέρει βιοστατιστική και να ξέρει και βιοπληροφορική. Δηλαδή μη τα σπουδάζετε μη βιολόγοι όλα αυτά, έχουμε το παιδί για όλες τις δουλειές

 

 

[archer100]

4 ώρες πριν, lactate είπε

Ευχαριστώ πολύ για τις απαντήσει σας.

Θα σου κάνω copy paste 2-3 αγγελίες

1. Candidate requirements: Candidates should have a PhD in Virology, Immunology, or Biology, and an excellent knowledge of biochemistry and bioinformatics is desirable.

2. Skills and application: Candidates must have a Ph.D in molecular or cell biology, genetics, toxicology or a related biological discipline, be self-motivated, and have excellent communication (verbal and written) and organizational skills. Solid molecular biology skills, and experience with Illumina and/or Nanopore (or PacBio) sequencing experiments (design, implementation and analyses) are required.  Strong interest in insecticide resistance or CYP-mediated metabolism of xenobiotics is highly desired.  Strong programming skills are necessary

Είναι όλα τόσο γενικά. Και  το αστείο είναι ότι οι μισθοί είναι στα πατώματα. Βλέπω 45,000$ το χρόνο για Αμερική που θα θέλεις 5 συγκάτοικους για να επβίωσεις και ζητάνε κάποιον να ξέρει τις τελευταίες τεχνικές της μοριακής βιολογίας, να ξέρει βιοστατιστική και να ξέρει και βιοπληροφορική. Δηλαδή μη τα σπουδάζετε μη βιολόγοι όλα αυτά, έχουμε το παιδί για όλες τις δουλειές

 

Η αγορα προσλαμβανει αλλα και πληρωνει, μονο βασει αναγκων και οχι βασει δυσκολιας αποκτησης γνωσεων. Και καλως η κακως ειναι αυτη που καθοριζει τους ορους του παιχνιδιου. Οσο και αν δε σου αρεσει κατι στον τροπο που λειτουργει, εσυ πρεπει να προσαρμοστεις σε αυτα που ζηταει. 

Δες εδω και μια ωραια κουβεντα για καποιον που ηταν σε διλλημμα μεταξυ δουλειας στη ΝΑΣΑ η την Google (45.000 μισθο η πρωτη,  200.000 η δευτερη)

Τελο, εχε υποψη πως ολες οι επιστημες πλεον ενσωματουν και ενσωματωνονται με την πληροφορικη σε βαθμο που μπορει να αγγιζει και το 70%πληροφορικη - 30% επιστημη, δηλαδη πλεον δεν εχει σημασια το ποσο καλα γνωριζεις το αντικειμενο, οσο το ποσο καλα μπορεις να χειριστεις τα δεδομενα γυρω απο αυτο, ειτε ειναι δεδομενα απο εναν browser, ειτε απο ενα τηλεσκοπιο-σεισμογραφο-μικροσκοπιο, ειτε μετρησεις απο ενα βιοχημικο εργαστηριο, μια φαρμακευτικη ερευνα, κλπ

[lactate]

1 λεπτό πριν, archer100 είπε

Η αγορα προσλαμβανει αλλα και πληρωνει, μονο βασει αναγκων και οχι βασει δυσκολιας αποκτησης γνωσεων. Και καλως η κακως ειναι αυτη που καθοριζει τους ορους του παιχνιδιου. Οσο και αν δε σου αρεσει κατι στον τροπο που λειτουργει, εσυ πρεπει να προσαρμοστεις σε αυτα που ζηταει. 

Δες εδω και μια ωραια κουβεντα για καποιον που ηταν σε διλλημμα μεταξυ δουλειας στη ΝΑΣΑ η την Google (45.000 μισθο η πρωτη,  200.000 η δευτερη)

Τελο, εχε υποψη πως ολες οι επιστημες πλεον ενσωματουν και ενσωματωνονται με την πληροφορικη σε βαθμο που μπορει να αγγιζει και το 70%πληροφορικη - 30% επιστημη, δηλαδη πλεον δεν εχει σημασια το ποσο καλα γνωριζεις το αντικειμενο, οσο το ποσο καλα μπορεις να χειριστεις τα δεδομενα γυρω απο αυτο, ειτε ειναι δεδομενα απο εναν browser, ειτε απο ενα τηλεσκοπιο-σεισμογραφο-μικροσκοπιο, ειτε μετρησεις απο ενα βιοχημικο εργαστηριο, μια φαρμακευτικη ερευνα, κλπ

Από ένα σημείο και μετά νομίζω ότι είναι βιτσιώζικο να έχεις μια δουλειά που σε πληρώνει λίγο παραπάνω από τον βασικό μισθό και που ζητάει τα πάντα. Ιδίως όταν σε επίπεδο βασικού πτυχίου και μεταπτυχιακού δεν έχεις κατευθύνσεις. Στο τελευταίο έχεις δίκιο, ωστόσο μια μεγάλη πλειοψηφία βιοεπιστημόνων είμαστε τελείως στο σκοτάδι (ούτε καν υποεκπαιδευμένοι θα έλεγα). Δεν είναι ότι έχω διδαχτεί βιοπληροφορική και πρέπει να το εξελίξω. Είναι ότι έμαθα office και αυτό οριακά, ότι ξέρω από office το έμαθα τελικά μόνος μου. Είμαι διδάκτορας στο ΕΚΠΑ, δεν μου "επιτρέπεται" να παρακολουθήσω μαθήματα βιοπληροφορικής του μεταπτυχιακού σαν θεατής, ζητάνε δίδακτρα. Αυτό λίγο με εκνευρίζει. Κατα τ'αλλα μου ακούγεται συναρπαστικό να ασχοληθώ να ψάξω αλλά από πλευράς εργασίας δεν ξέρω.. το να πω ναι ξέρω κάποια πράγματα βιοπληροφορικής έχω διαβάσει έχω ψάξει.. μου ακούγεται σαν να πω ναι έχω δει dr house ξέρω να χειρουργώ.

[Argonaute]

Η βιοπληροφορική έχει μεγάλο εύρος, το που θα δώσεις την προσοχή σου εξαρτάται από το τι θέλει ο εργοδότης. Γνώση αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων? Στοίχιση αλληλουχιών? Δομική βιολογία με μελέτη τρισδιάστατων προσομοιώσεων? Να γραψεις κώδικα για εργαλεία που δεν υπάρχουν αλλά θα κάνουν πιo εύκολη τη ζωή σου?

Εγώ προτείνω, επειδή τα έχω περάσει, να μάθεις αν θέλεις Perl, R, και κάποιο πρόγραμμα βιοστατιστικής ανάλυσης σαν το Perseus.

@lactate και πάρα πολύ excel, γιατί  τα περισσότερα προγράμματα βιοπληροφορικής παίρνουν input από txt αρχεία, και το excel βολεύει να τα φτιάχνεις σε αυτό.

[Scienceguy123]

Στις 16/4/2020 στις 1:03 ΠΜ, Argonaute είπε

Η βιοπληροφορική έχει μεγάλο εύρος, το που θα δώσεις την προσοχή σου εξαρτάται από το τι θέλει ο εργοδότης. Γνώση αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων? Στοίχιση αλληλουχιών? Δομική βιολογία με μελέτη τρισδιάστατων προσομοιώσεων? Να γραψεις κώδικα για εργαλεία που δεν υπάρχουν αλλά θα κάνουν πιo εύκολη τη ζωή σου?

Εγώ προτείνω, επειδή τα έχω περάσει, να μάθεις αν θέλεις Perl, R, και κάποιο πρόγραμμα βιοστατιστικής ανάλυσης σαν το Perseus.

@lactate και πάρα πολύ excel, γιατί  τα περισσότερα προγράμματα βιοπληροφορικής παίρνουν input από txt αρχεία, και το excel βολεύει να τα φτιάχνεις σε αυτό.

Πιστεύεις χρειάζεται καλό μαθηματικό υπόβαθρο για το μεταπτυχιακό βιοπληροφορικής;

[panos spain]

Απο programming skills εχεις τιποτα? Δηλαδη, στο διδακτορικό εκανες καθολου numerical analysis, empirical analysis κλπ? Αν "ξερεις" εστω και μια γλωσσα προγραμματισμου, ειναι ιδιαιτερα ευκολο να μεταπηδησεις στην python. Θα μου κανει μεγαλη εντυπωση αν μου πεις οτι δεν εγραψες καθολου κωδικα κατα τη διαρκεια του διδακτορικου.